Образовательный процесс в МБОУ СОШ № 31 г. Мурманска осуществляется в соответствии с уровнями образовательных программ трёх ступеней образования:

- I ступень: начальное общее образование (нормативный срок освоения 4 года, 1-4 классы), задачами которого являются воспитание и развитие обучающихся, овладение ими чтением, письмом, счетом, основными навыками учебной деятельности, элементами теоретического мышления, простейшими навыками самоконтроля, культурой поведения и речи, основами личной гигиены и здорового образа жизни;

- II ступень: основное общее образование (нормативный срок освоения 5 лет, 5–9 классы), которое создаёт условия для воспитания, становления и формирования личности обучающегося, для развития его склонностей, интересов и способности к социальному самоопределению;

- III ступень: среднее (полное) общее образование (нормативный срок освоения 2 года, 10-11 классы), решающее задачи развития интереса к познанию и творческих способностей обучающегося, формирования навыков самостоятельной учебной деятельности на основе дифференциации обучения. В дополнение к обязательным предметам вводятся предметы по выбору самих обучающихся в целях реализации интересов, способностей и возможностей личности.

В МБОУ СОШ № 31 г. Мурманска формируются классы профильного обучения. Приём в профильные классы осуществляется комиссией, в компетенцию которой входит организация приема обучающихся и решение всех вопросов, возникающих при этом. Деятельность комиссии регламентируется Положением о профильном обучении.